Aquafin werd in 1990 opgericht door het Vlaamse Gewest om de Vlaamse infrastructuur voor rioolwaterzuivering verder uit te bouwen, te exploiteren en te financieren. Aquafin zorgt voor de opvang van het water van de gemeentelijke riolen in ‘verzamelriolen', en het vervoer naar zuiveringsinstallaties. Daar wordt het behandeld volgens Europese en Vlaamse normen. Dankzij de opgebouwde knowhow en ervaring in die domeinen, wordt Aquafin regelmatig gevraagd als partner in binnen- en buitenlandse onderzoeksprojecten. Via een dochterbedrijf is Aquafin actief in het buitenland (met de focus de nieuwe lidstaten van de Europese Unie), en voor industriële klanten. De overeenkomst met de Vlaamse overheid bepaalt dat Aquafin zowel een deel van de taken van de gemeenten als installaties van de Vlaamse Milieumaatschappij (VMM) overneemt. Triodos Bank heeft daarvoor een krediet verleend.